Bu kentin çekirdeğini 1462 yılında Çimenlik Kalesi’nin etrafında başlayan yerleşim yerleri oluşturmuştur. Kalenin yapımında çalışan Romanlar, Çay Mahallesini. Boğazın savunmasında görevli olan müslüman memurlar ve askerler ise Cami-i Kebir mahallesini kurmuşlardır.

Mahallelerin oluşumundan sonra ise denizcilik yapan Rumlar çevre kentlerden bu kente geldiler. Cami-i Kebir bölgesinin kuzey tarafına Rum Mahallesi oluşturdular. Rumlarla birlikte Ermeniler de kente yerleştiler onlar ise Zafer Meydanı kilise civarına yerleşip kendi mahallelerini kurdular.

Kala-i Sultaniye yani günümüzdeki ismiyle Çanakkale’nin isim kökeninin yöredeki çanak-çömlek yapımcılığından veya Çanakkale’de bulunan kalenin, çanağı andırmasından geldiği düşünülüyor.

Çanakkale hızlı bir şekilde kent olma yönünde gelişim göstermiştir. Boğazlarda ekonomik faaliyetlerin yoğunlaşması ile birlikte liman kenti olmaya ve zenginleşmeye başlamıştır. Eskiden kurulmuş mahalleler gelişip, büyürken. Ticaretle uğraşan Yahudiler de kente gelip Musevi mahallesini kurmuşlar. Coğrafi ve stratejik konumu nedeniyle Çanakkale ticari ataşelikler ve fahri konsolosluklar için de cazip bir yer haline gelmiştir. Kısa zamanda kurulan temsilciliklerin sayısı da bir hayli fazladır. Bu temsilcilikler, Kordon boyunca ticari ataşelikler mahallesini oluşturmuşlardır.

Bir dönem sonra(19.YY) Osmanlı’nın çöküş yaşaması ile Balkanlar, Ege adaları ve Kırım’daki müslümanları göçe zorladı. Göçe katılan müslümanlardan bazıları da Çanakkale’ye yerleşti ve Tatar mahallesi ismi verilen mahalle bu dönemde kuruldu. Bu gelişmeler yaşanırken Müslümanlar dışındaki kent halkı ise göçmek yerine genişlemeye devam etti ve yeni bir Rum mahallesi daha kurdular.

İlerleyen dönemlerde ise savaşların başlaması ile karmaşık bir göç dalgası da başladı ve bu 50 yıllık bir döneme yayılan süreçte müslümanlar dışındaki tüm halk kenti terk etti. Tüm bunlar olurken kente Ege Adaları ve Balkanlar’dan yeni göçmenler geldi. Kente yeni gelen göçmenler şehirden ayrılan reayanın evlerine yerleştikleri için kentin görünümünde ve dokusunda büyük bir değişim olmadı. İttihat ve Terakki yönetimindeki Osmanlı’nın, satın aldığı iki adet Alman yapımı savaş gemisi ile Karadeniz üzerinden Rusya’yı bombalaması ile Osmanlı I. Dünya Savaşına katılmıştı. Bunun öncesinde ise Osmanlı, itilaf devletleri tarafında savaşa katılmak istemiş fakat olumlu bir cevap alamamıştı.

Bu iki Alman savaş gemisini takip eden İngiliz ve Fransız savaş gemileri de, boğazdan geçip Karadeniz’e çıkmak istiyorlardı. Osmanlı bu isteği reddedip geçmelerine izin vermedi. Bu karar üzerine İngiliz-Fransız Donanması ‘’1915’’ tarihinde boğazı kuşattı.

Her iki tarafın da büyük kayıplar verdiği bu savaşta Osmanlı ordusu, Çanakkale Boğazı’nın her iki tarafına yerleştirdiği askerleriyle donanmanın geçmesine ve karaya çıkmasına izin vermedi.

Stratejik konum olarak çok büyük bir öneme sahip olan Çanakkale, bu savaştan sonra olan İstiklal Savaşı süresi boyunca da zor bir dönem geçirdi. Cumhuriyet sonrasında kendini toparlamaya başlayan kent bu sefer ise Türkiye’nin katılmamış olmasına rağmen 2. Dünya Savaşı ile karşılaşıyordu.